และเป็นกลางในการเปิดเผยจุลินทรีย์ในตัวอย่าง อย่างไรก็ตาม ไม่สามารถแยกความแตกต่างระหว่างการล่าอาณานิคมที่มีชีวิตและสิ่งมีชีวิตชั่วคราวที่ตายแล้ว แม้ว่าเทคนิคการเพาะเลี้ยงแบบดั้งเดิมสามารถแยกความแตกต่างระหว่างจุลินทรีย์ที่มีชีวิตและตายแล้วได้ แต่ผลลัพธ์ที่ได้จะคลาดเคลื่อนตามเงื่อนไขการเพาะเลี้ยงที่ใช้ การจัดลำดับอาร์เอ็นเออาจแก้ไขปัญหานี้ได้โดยการเปิดเผยกิจกรรมการทำงานของไมโครไบโอต้า แต่เป็นเรื่องยากทางเทคนิคเนื่องจากมวลชีวภาพของสิ่งมีชีวิตบน ผิว หนังมีน้อย ในการวัดกิจกรรมนี้โดยอ้อม เทคนิคการวิเคราะห์ใหม่ได้รับการพัฒนาขึ้นโดยเปรียบเทียบการแจกแจงแบบอ่านที่จุดกำเนิดของการจำลองแบบและที่อื่น ๆ ในจีโนมเพื่อเป็นหลักฐานของการจำลองแบบของแบคทีเรียที่ใช้งานอยู่